В 1903 в д. Шапшинской Самаровской волости Тобольского уезда Тобольской губернии был построен молитвенный дом (часовня с алтарем).

11 января 1904 года (по другим сведениям 2 февраля 1905 года) храм-часовня была освящена в честь святого преподобного Евфимия Великого. С этого времени 2 февраля стал престольным праздником Шапшинской церкви. В 1908 году Тобольская духовная консистория, рассмотрев прошения прихожан, принимает решение к существующей деревянному храму-часовне святого Евфимия Великого пристроить трапезную и колокольню. В этом же году проект был утвержден и воплощен в жизнь.

Это была деревянная постройка обшитая тесом. Обнесена церковь решетчатой оградой с резными воротами и калиткой. Крыша была покрыта листовым железом. Её украшали три обшитых металлом купола, увенчанных православными крестами.

Первоначально Шапшинский храм преподобного Евфимия Великого был приписан к храму Покрова Пресвятой Богородицы в с. Самарово (ныне г. Ханты-Мансийск), а незадолго до событий 1917 года отошла к храму пророка Божия Илии с. Конево. Как и по всей стране в 1924 г. церковь в Шапше была закрыта. Шапшинские прихожане по инициативе семьи Естафьевых писали письмо «всероссийскому старосте» М.И. Калинину. Вскоре в конце того же 1924 года церковь открыли.

Шапшинская церковь, единственная в этом регионе, действовала до 1958 года. Известный Шапшинский священник игумен (впоследствии архимандрит) Парфений (Невмержицкий) (1900+1991) окормлял близлежащие села Сумкино, Конево, Зенково и другие. Он много потрудился для прихожан Шапша и Ханты-Мансийска, сам выстроил дом рядом с церковью. Позже дом был сожжен, а отец Парфений выслан в Тобольск. В настоящее время на этом месте построены жилые дома. А во время больших православных праздников верующие из окрестных сел и города собирались группами и пешком, а когда повезет — на лошади, шли на службу в Шапшинскую церковь.

Храм в честь святого Евфимия Великого в Шапше был одним из последних действующих тогда в регионе в годы гонений на церковь. Храмы Ханты-Мансийска и ближайшие в районе были закрыты или разрушены к началу 30-х годов 20-го века, а богослужения в Шапшинском храме продолжались до конца 50-х.

В 1958 году храм святого Евфимия Великого в Шапше был закрыт. Деревянный храм был переоборудован в клуб и в середине 1980-х годов сгорел. На его месте были построены жилые дома.

В августе 2014 года в д. Шапше вновь зарегистрирован приход в честь преподобного Евфимия Великого, 17 августа митрополит Ханты-Мансийский и Сургутский Павел освятил закладной камень в основание храма.

В марте 2015 года митрополит Павел освятил купола, а в октябре того же года колокола храма преподобного Евфимия Великого.

15 ноября 2015 года митрополит Павел благословил настоятеля храма иерея Евгения Набокова на проведение еженедельных богослужений.

17 апреля 2016 года управляющий епархией совершил чин Великого освящения храма.